После февральских событий 1988 года сепаратистско-террористические группировки Нагорно-Карабахской области и вооруженные силы Армении начали военные действия с целью захвата Нагорного Карабаха. К ним присоединились части вооруженных сил СССР, находящиеся в Армении и Нагорно-Карабахской автономной области. Таким образом, после распада СССР вновь повторилась ситуация, похожая на историческую ситуацию, сложившуюся в результате свержения царского правительства в феврале 1917 года. Офицеры, служившие в рядах советской армии, и бывшие советские военные части объединились против азербайджанцев и начали военные действия единым фронтом (как было в марте 1918 года в геноциде против азербайджанского народа). Сначала были захвачены населенные пункты азербайджанцев в Нагорном Карабахе. 15 января 1992 года была захвачена деревня Керкиджахан, 10 февраля - деревни Малыбейли, Гушчулар, началась расправа над мирным и невооруженным населением, сузилось кольцо окружения Ходжалы и Шуши. Операция добровольцев Дашалты оказалась безуспешной. В середине февраля армянские и советские военные группировки захватили селение Гарадаглы. В ночь с 25 на 26 февраля произошло самое страшное событие современной истории. Армянские военные группировки совершили жестокий геноцид против азербайджанцев в Ходжалы. Это самый страшный и массовый, после фашизма во второй мировой войне, геноцид армянских сепартистов-террористов и армянских военных сил против человечества. Защита азербайджанским руководством в войне, направленной против территориальной целостности Азербайджана и его народа, интересов Москвы, а не собственного народа лишила его авторитета. В условиях усиления народного движения в марте 1992 года А.Муталибов, руководивший республикой, подал в отставку.

Создавшаяся пустота во власти еще более ослабила обороноспособность Азербайджанской Республики. В результате в мае 1992 года армянские военные объединения захватили и Шушу. Таким образом, армяне фактически оккупировали территорию всего Нагорного Карабаха. Следующим шагом стала оккупация Лачина - района, соединяющего Армению с Нагорным Карабахом. Воспользовавшись усилением споров вокруг власти в Баку, армяне захватили и Лачин. Борьба за власть, продолжавшаяся и во времена правления Народного Фронта Азербайджана, нанесла тяжелый удар по защите республики. В апреле 1993 года был оккупирован Кельбаджар. В июне в Азербайджане налицо оказался глубокий политический кризис. По требованию народа Г.Алиев пришел к власти. Продолжая войну против Азербайджана, в течение июля-октября 1993 года армяне захватили Агдам, Физули, Джабраил, Губадлы и Зангилан.